اناطة القانون لهيأة النزاهة اختصاصات متنوعة بالإضافة الى اختصاصها الرئيسي المتمثل في التحقيق في قضايا الفساد لتحقيق اهدافها في منع ومكافحة الفساد , وتتولى ممارسة اختصاصها من خلال مجموعة من الاجراءات والقرارات سواء تلك الصادرة من الهيأة ذاتها باعتبارها سلطة ادارية فيما يتعلق بتنظيم ادارة الهيأة وكادرها الوظيفي او المتعلقة التحري عن قضايا الفساد , او تلك الصادرة من قضاة التحقيق المنتدبين لمحكمة تحقيق هيأة النزاهة في مرحلة التحقيق الابتدائي , اذ تختلف الطبيعة القانونية لقرارات الهيأة تبعا لكل مرحلة وجهة اصداره والغاية من اصداره .
